En el Operativo Aprender 2016 se evaluaron en 1037 escuelas primarias y secundarias, un total de 27935 estudiantes de ambos niveles. El dispositivo de evaluación prevee un sistema de estándares que responde a la necesidad de evaluar no solo el rendimiento de los alumnos sino también la labor educativa, considerando cuatro niveles de desempeño, con lo que se pretende precisar cuáles son aquellas habilidades, capacidades y contenidos que definen un determinado nivel de competencia, estos niveles son Por Debajo del Nivel Básico, Básico, Satisfactorio y Avanzado, estos dos últimos representen los niveles de desempeño deseables.
